直接或间接影响有机物化合物降解性能的因素可以归纳为与基质、生物体和环境相关的几方面。
(1）与基质相关的因素
①基质的化学组成和结构，基质的化学组成和结构决定其溶解性、分子的排列、分子的空间结构及分子间的吸引、排斥等，进而影响其生物降解性能。国内外许多专家学者研究了有机物化学结构与其生物降解性能的关系。
②基质的各种理化性质有关基质的各种理化性质与生物降解性能的相关性已有很多报道。 Alexander 认为有机物的溶解度是影响其生物降解性能的一个较重要的因素，他对这种关系进行了研究。研究结果表明难溶于水的化合物要比易溶于水的化合物降解性能差，其原因在于： a ．难溶于水的化合物在水中扩散程度较差，且很容易被吸附或诱捕到惰性物质上，使其很难到达微生物细胞的反应位置，从而妨碍酶发挥作用： b ．当生物降解速度被落解度控制时，反应速率则下降； Thomas 等研究了一些微溶的有机物质的溶解速率与生物降解性的关系； Aichinger 等用呼吸法测定了苯二酸酯及几种多环芳烃等微溶性有机物的生物降解特性，认为溶解速率在确定很多微溶的化合物的生物降解速率时起着重要作用； Lyman 报道了酯类物质的二级碱性水解速率常数与生物降解速率常数之间的相关性。另外，有机物的憎水性（或亲水性）、吸附性等对其生物降解性能都有影响。
③基质浓度生物降反应必须具有合适的基质浓度。基质浓度过低，生物降解过春可能受到限制，而高浓度则会对微生物的生理活动产生抑制作用。合适的基质浓度由基质的种类及菌种类型所决定。在基质降解期间，降解反应动力学级数及速度随着其浓度的变化而有所改变。
(2）与生物体相关的因素
②微生物种类一种化合物欲被降解，必须存在可利用它的微生物种属。一些简单的物质，如葡萄糖，立即可被许多微生物所降解。而对于复杂的有机物，只有少数微生物种属对其产生降解作用，代谢途径复杂，而且有时需要多种微生物的多步联合代谢。
②微生物数量化合物的降解除了需要有可利用它的微生物存在外，这些微生物还必须累积至一定数量，才能有效地对化合物进行分解。
③微生物种属间的相互作用在废水处理及水体非土壤自净过程中，降解有机物的微生物都是以混合菌种的形式存在，这些不同种属的微生物相互影响、相互作用、协同代谢共同完成对有机物的分解作用。
(3）与环境相关的因素
环境的变化可影响微生物代谢的活性。
①温度据报道，微生物生长的环境温度范围为—12~100℃，但大多数细菌的适宜生长温度在20~40℃范围内。生物降解速率在其所容忍的温度范围内随着温度的升高而增加其关系一般可用 Arrhenius 方程式来描述。废水好氧生物处理约在20~30℃时效果最好。8之间最快。② pH 值不同微生物存在不同的最适 pH 值范围，微生物的氧化作用一般在 pH =6~③ DO 不同种类微生物对溶解氧有不同的要求。在好氧环境中，氧气作为许多降解反应的最终电子受体，此时如溶解氧浓度不足，则会抑制降解速率。化合物的代谢。④有毒物质周围环境有有毒物质存在时，会抑制微生物的活性，妨碍微生物对其他充营养诱发降解。⑤营养营养元素或某些微量元素的缺乏会减慢或限制微生物的代谢作用，此时需综上所述，影响有机物生物降解性能的因素有内因、外因两方面，内因为化合物本身的化学组成和结构，外因是指各种环境因素，包括物理条件（如温度、化合物的可接近等）、化学条件（如 pH 值非氧化还原电位、化合物浓度、其他化合物分子的协同或拮抗作用等）、生物条件（微生物种类、数量以及种属间的相互作用等）。那么，形成有机物难以生物降解的原因也有上述内因和外因两方面。有机物本身的化学组成和结构是使其具有抗生物降解性的内因。但是从环境因素（外因）来看，难降解性并不是化合物不可改变的固有特性，各种环境状态的改变，可使本来难以降解的化合物可能变得易降解。因此，围绕难降解有机物生物降解性能的研究主要集中在以下两方面：一方面是对各类难降解有机物的生物降解性能进行评价和分类，研究有机物本身的化学结构及其他各种特性与生物降解性能的关系，揭示有机物生物降解过程的内在规律及机理，另一方面是开发能够改善有机物生物降解性能的生物技术，如选择适合的生物降解环境（厌氧酸化预处理技术等），选择和驯化特异性菌种和适宜的生物酶。
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