众所周知，任何事物都不是完好无缺的，厌氧法也是如此，尽管它有很多比好氧法好的方面，但总有不足之处，现介绍如下
(1）对有毒物质敏感
厌氧法对有毒物质非常敏感，这一缺点是导致反应器运行条件恶化的主要原因，因此要特别注意了解有难废水中有毒物质的性质，还要注意处理时操作方法也要得当。但随着人们对这一问题的重视，人们渐渐加强了对有毒物质的种类、毒性物质的允许浓度和可驯化性的了解，并在工艺上做了改进，慢慢克服了厌氧生物处理技的这一缺点。并且，人们发现对厌氧细菌的驯化可以在很大程度上提高其对有毒性物质的耐受能力。
(2）启动过程缓慢
俗话说得好："万事开头难"，厌氧生物处理技术其反应器在初次启动时过程很缓慢，通常需要8~12个星期。造成这一不足的原因是多方面的，比如说厌氧微生物增殖较慢，污泥生长缓慢等。但也正是这个原因使得在处理过程中产生的剩余污泥较少。由于厌氧污泥具有可长期保存这一特性，只要祝制适宜环境，便可将保存的厌氧污泥直接用于新建的厌氧处理系统进行污泥接种，这样反应器启动慢的问题便可解决了。
(3）有机物去除不彻底
法虽然负荷高，但其处理有机物时仍无法将有机物彻底去除。而且经厌氧反应后出水 COD 浓度高于好氧处理。因此，单独采用厌氧生物处理废水无法达到预期的排放标准，所以仍需要后续处理（如好氧处理）才能达到较高的排放标准。
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