尽管两相厌氧工艺的单相工艺容积负荷率高而使总容积减小，但毕竟要建造两个容积不等的反应器，这给构筑物的设计和施工带来困难。因此，两相厌氧工艺反应器选择和设计的主要原则是：产酸反应器尽可能构造简单化而降低基建费用；产甲烷反应器则必须选择运行稳定的高效反应器。
(1）产酸反应器
产酸菌繁殖速度快，酸化反应易于进行，对产酸反应器的要求远不如对产甲烷反应器的要求高。从节省投资、施工方便的角度出发，现在国外多选用完全混合式的厌氧接触反应器作为产酸反应器。厌氧接触反应器产酸效果良好，但结构较复杂，基建投资较大。考虑到工业废水处理设施中，通过调节池来改造是可以考虑的，但需要对改建调节池为产酸器容易出现的情况进行探讨研究。一般单相厌氧反应器要求在35℃或55Y条件下运行，这两个温度分别是产甲烷细菌最适温度。而产酸菌对温度并无严格要求，日它们对温度的变化有较大的适应性。但温度低是不利于产酸反应的，而调节池又无加热设施，若政建为产酸器，将有冬大产酸效果下路的可能。但事实上，大多数食品工业废水在排放时温度都很高。如豆制品厂黄汁废水温度60~70℃，经过管道输送进入调节池后仍有35℃左右；糖蜜酒精废水的温度则更高。所以即使在冬天，无加热设施的调节池内的水温也不会太低，不至于使产酸效果降低很多。调节池水温保持25℃以上即可保证正常的产酸速度。产酸反应器中需要保持一定的污泥量，以获得比自然酸化快得多的产酸速率。调节池由于自身结构所限而难以截留大量的污泥。但是，在生产实际中，大多数食品工业废水是间排放的，这样调节池中可以经常保持1/3~1/2容积的原酸化液和污泥留作酸化菌种使用就能取得较好的产酸效果。另外，在调节池中悬挂一些纤维软性填料也能增加池中污泥量提高产酸效果。调节池一般都是敞口的，改造为产酸反应器必然要使一些沼气不能回收利用。事实上产酸相的甲烷产率非常低，往往只有产甲烷相的1/30~1/20。所以，不回收利用这部分沼气造成的经济损失是很小的。综上所述，对于处理易于水解酸化的有机废水的两相厌氧工艺，把调节池改为产酸反应器在技术上可行，在经济上是合理的。但是，对于其他类型的有机废水而言，应采用完全混合式的厌氧接触反应器作为产酸反应器，以保证良好的产酸效果。
(2）产甲烷反应器
产甲烷反应器是两相厌氧工艺系统中去除有机物和产生甲烷的主要场所，应选择处理效率高、运行稳定的反应器。根据这一要求，可作为产甲烷器的构筑物有上流式厌氧滤器( AF )、上流式厌氧污泥床反应器（ UASB )、上流式厌氧污泥床滤（ UBF )。
AF 和 UASB 都具有很强的处理效能，且设计和运行日渐成熟，但它们都存在着明显的缺陷。 AF 易出现堵塞或短流问题，且填料的大量设置增加基建投资； UASB 的启动较困难，上部常出现大量浮渣，三相分离器的设计和施工复杂且易出现污泥流失现象，而新近研究开发的 UBF 则在很大程度上综合了 AF 和 UASB 的优点，又克服了两者的一些缺点。 UBF 是 UASB 和 AF 的结合体．即在 UASB 的上部区域不设置三相分离器而放置填料层。
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