(1)难降解化合物在实际中厌氧降解的速率 在对难降解化合物进行厌氧降解时我们应该充分考虑其完全降解所需要的时间，这决定了工程设计以及进水负荷、停留时间以及厌氧处理是否可以在该项工程中应用等一系列重问题。一些结构简单的有机物，如有机酸、乙醇和糖类可以在很短时间内被降解，一般只要几小时甚至几分钟。而对于难降解化合物，因其分子量大和结构复杂以及各种官能团的同特性导致降解速率大大下降，因此在工程设计时，需要重点考虑HRT和SRT，这是在应用生物厌氧处理难降解化合物时必须考虑的。
(2)进水原有碱度
在对难降解化合物进行厌氧降解时需要合适的pH值，然而如果当废水的固有碱度不高，而在降解过程中也不会产生足够的碱度，而全靠人工投加NaCO3等碱性化合物来调节 pH值时，那么就会提高处理的成本，对厌氧的经济可行性造成负面影响。
(3)出水水质
出水的水质质标决定废水处理的程度，普通传统的厌氧处理出水的水质一般达不到二级要求(SS20mg/L，BODs20mg/L)，只有少数实例可以达到二级出水要求。我们可以采用分级处理或推流式反应器改善出水水质，努力使工艺流程各项参数达到最佳，使出水其达到二级标准。如果厌氧处理是作为好氧工艺的预处理，则相对设计标准可以适度低于二级准。所以在工程设计时要根据实际需要进行考虑。
(4)废水温度和其他经济因素的考虑
当工业废水中所含有机物只可以慢速降解，BOD浓度低于3000mg/L，温度低于10℃或者处理过程中几乎不产生碱度的情况下不宜选择厌氧处理。可以想象，当工业废水含有短链易降解有机物，温度为35℃，BOD浓度为200~300mg/L，碱度为2500mg/L则可以成功地用厌氧工艺来处理。根据这些水质条件采用附着生长或颗粒污泥反应器用分级或推流式运行方式出水，BOD可以达到20mg/L。对于高浓度废水来说，不论温度高低均可以采用灭氧处理。因为厌氧处理中生成的甲烷燃烧产生的热量可用于加热废水，每1000mg/LCOD生的甲烷燃烧可使进水升温3.3℃。因此，对高浓度废水进行加热是经济可行的，而对低农度废水进行加热则是不经济的。低浓度废水通常是在环境温度下处理，相应的会使厌氧反速率降低。
从总体来说，有机化合物厌氧生物降解性的鉴定方法目前研究得还很不够，一些传统的法并不能有效地反映有机化合物的厌氧生物降解性，一些新的鉴定方法又还不很完善，仍在研究改进之中。因此，寻求一种有效的、准确的、易推广的鉴定有机物厌氧生物降解性能方法是今后研究工作的重点。
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